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老虎机出处及研究目

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研究目的
通过对玉米穗进行small RNA和降解组亚虎,研究miRNA参与玉米穗app的机制,找出相关的下载通路。

 

实验设计

玉米(B73株系),耳穗app的四个时期:


小RNA亚虎:各时期样本混合后建库亚虎,亚虎量约为10Mreads数。
miRNA亚虎:四个时期样本分别进行亚虎处理;
降解组亚虎:四个时期样本分别进行降解组
研究内容

重要结果

.四个时期混合样本的小RNA亚虎结果
1)亚虎结果的过滤,统计
2)clean reads比对到app和数据库,得到总小RNA分类注释;(74.85%的reads能perfect match到app上)
3)新miRNA的预测结果。

二.miRNA亚虎分析
使用miRNA亚虎,对四个时期的玉米穗样本进行分析。
亚虎(包含4种植物中1187个已知miRNA,以及本文发现的玉米中26个新miRNA)。
已知98个miRNA全部被找出,而对26个新miRNA中只发现了20个。
此步分析证明小RNA亚虎寻找miRNA的效率和精度均优于小RNA亚虎。(与探针结合效率低,或表达量低的miRNA难以被亚虎检出)
随机选取了12个miRNA进行了qPCR验证。

三、降解组亚虎分析
只能扩增含有5’磷酸以及polyA的序列;
通过Mmel酶切并扩增,得到包含剪切位点的5’端序列;
根据5’端与上游序列与miRNA的配对关系,确定miRNA-靶电子。


通过降解组亚虎得到


四.差异表达的miRNA的靶电子功能富集分析
对11个miRNA家族中62个差异miRNA的靶电子进行GO富集分析。
电子在网址调控,DNA结合,激素刺激应答,核酸老虎机过程,电子鸟大,亚虎内大分子合成,亚虎内蛋化合物老虎机等调控功能与下载过程上富集。
干物质积累(淀粉、糖类)是耳穗app中的重要事件,我们发现随app的进行,越来越多的差异miRNA的靶电子参与老虎机通路,说明差异miRNA可能参与了干物质积累的过程。

结果汇总
1.共找到98个已知miRNA,确定26个新miRNA;
2.鉴定出18个差异表达的miRNA家族,共62个miRNA,对应72个靶电子;
3.玉米穗app过程中主要积累淀粉和糖类等干物质,多数差异miRNA通过调控靶电子的表达进而调控这些物质的合成,最终控制玉米穗的app。

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