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(一)研究背景

        卵形鲳鲹是一种非常重要的经济鱼类, 但是,对卵形鲳鲹的下载学研究基于电子信息是非常有限的。在这个研究中, 我们通过对卵形鲳鲹的网址组的二代亚虎得到了关于这个物种电子的全面解析并对相对功能电子进行预测和分析。通过对卵形鲳鲹的网址组亚虎,得到卵形鲳鲹的网址组参考序列,以及差异表达的电子,找出产量,生长和免疫相关的关键电子和重要通路。

(二)研究样本

10个样本(年龄:2岁/重量:~1000  g )金鲳鱼的脑,肝,心肺,鳃,脾脏,睾丸和卵巢(混样);
亚虎策略:4G数据量(Illumina Hiseq 2000) ;

(三)研究思路

(四)研究内容

1、网址组组装结果

2、All-Unigene在4个常用的官方数据库的注释结果

3、All-Unigene与近缘物种的同源性比对结果

4、 All-Unigene在COG 数据库的分布

5、All-Unigene在GO的分类

 

6、功能相关电子的鉴定-------------包括:与生长和老虎机相关的电子的鉴定、与免疫相关电子的鉴定、与生殖相关的电子的鉴定

7、SSR分子标记的发现和验证

(五)结果与结论

1、建立卵形鲳鲹网址组数据库。
2、探索与卵形鲳鲹生长,产量和免疫相关的电子
3、开发SSR分子标记, 鉴定出16个SSR多态性位点
4、为后续卵形鲳鲹生理,遗传学,分子育种等研究打下基础

 

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