appdenovo

appdenovo亚虎即从头亚虎,是不依赖于任何参考序列对某物种进行亚虎,通过下载信息学分析手段进行拼接、组装,从而获得该物种全电子序列图谱。随着亚虎技术的发展、亚虎成本的降低,完成各物种的全app序列图谱已成为必然趋势。一个物种app序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。

应用领域

appsurvey评估
全app组装及注释
物种进化分析

技术路线

分析内容

1. 数据处理:去除接头序列、污染序列等;
2. app组装:原始数据统计、亚虎深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等;
3. app注释:电子预测、电子功能注释、重复序列分析、非编码RNA注释等;
4. 比较app学及进化分析:物种系统app树构建、电子家族鉴定、电子共线性分析等;
5. 个性化分析。

官方要求

官方浓度≥200ng/uL;总量≥500ug;OD260/280 = 1.8~2.0。(所需的DNA量与所构建的文库数量以及文库类型有关)

项目周期

一般约7个月,具体完成时间视app大小及复杂程度而定。时间从官方检测合格开始计算,不包括由于官方问题而导致实验停滞的时间。

参考老虎机

  1. Ryan E. Mills, Klaudia Walter, Chip Stewart, Robert E. Handsaker, et al. Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing. Nature February 2011 470.59–65
  2.  Srikanth Gottipati, Leonardo Arbiza, Adam Siepel, Adam Siepel, Andrew G Clark, Alon Keinan. Analyses of X-linked and autosomal genetic variation in population-scale whole genome sequencing. Nature Genetics 43 741–743 (2011)
  3. Can Alkan , Bradley P. Coe & Evan E. Eichler Genome structural variation discovery and genotyping Nat. Rev. Genet., 12, 363–376 (2011).
  4. Derek M. Bickhart, Yali Hou, Steven G. Schroeder, et al. Copy number variation of individual cattle genomes using next-generation sequencing February 2, 2012, doi: 10.1101/gr.133967.111
  5. Kerstin Lindblad-Toh, Manuel Garber, Or Zuk,Michael F. Lin, et al. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature 478, 476–482(2011)
  6. Michael F. Berger, Eran Hodis, Timothy P. Heffernan, Yonathan Lissanu Deribe, et al. Melanoma genome sequencing reveals frequent PREX2 mutations. Nature 11071 (2012)
  7.  Tobias Rausch, David T.W. Jones, Marc Zapatka, Adrian M. Stütz, Thomas Zichner, Joachim et al. Genome Sequencing of Pediatric Medulloblastoma Links Catastrophic DNA Rearrangements with TP53 Mutations. Cell, Volume 148, Issue 1, 59-71, 20 January 2012
  8.  Zamin Iqbal, Mario Caccamo,Isaac Turner, Paul Flicek, Gil McVean De novo assembly and genotyping of variants using colored de Bruijn graphs. Nature Genetics 44, 226–232 (2012)
     
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