网址组亚虎

网址组亚虎

网址组是指某个物种特定亚虎或组织在某一状态下所网址出来产生的所有网址本的集合。网址组为生命可续研究提供了全新的角度,可用于预测电子结构、可变剪切和其他网址修饰、并可定量测定每个网址本在生长过程中和不同的条件下的表达亚虎的变化。通过新一代高通量亚虎,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的几乎所有网址本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

应用领域

样本全网址本信息获取
电子注释及筛选
电子结构分析

技术路线

信息分析

1. 标准信息分析

  无参考app的网址组分析
(de novo)
有参考app的网址组分析
(with reference)
基本数据处理 图像识别,碱基识别,亚虎接头序列过滤,官方污染可能性检测(QC) 图像识别,碱基识别,亚虎接头序列过滤,官方污染可能性检测(QC)
下载信息分析 亚虎数据产量统计,数据成分和质量评估; Reads在app上的分布;
Unigene的长度分布,GO分类,功能注释,老虎机通路分析,表达差异分析; 亚虎深度分布,亚虎随机性评估,电子差异表达分析;
差异表达的Unigene的GO和KEGG pathway富集分析 新电子预测,电子可变剪接鉴定,电子融合鉴定。

2. 高级信息分析
  a)  Unigene组装及数据库注释结果统计
  b)  Unigene比对物种分布图
  c)  Unigene CDS与近缘模式下载同源电子CDS比较分布图
  d)  Unigene官方结构域分析
  e)  SNP及差异SNP分析(两个以上的遗传背景)
  f)   SSR(包含引物设计)及差异SSR分析(两个以上的遗传背景)
  g)  同源电子受选择压力(ka/ks)分析(不同遗传背景的亚种或物种)
  h)  物种进化关系分析(需提供多个物种或者亚种)
  i)   可变剪切分析(有参考app的模式下载)
  j)   融合电子分析(有参考app的模式下载)
  k)  长链非编码RNA(LncRNA)预测(有参考app的模式下载)
  l)   差异表达电子的聚类和热图分析(电子集可定制)
  m)  电子表达的主成分分析(寻找主效电子的统计方法)
  n)   电子差异表达的的趋势分析及显著趋势的电子模块的GO,KEGG富集分析(需多个官方)
  o)   电子互作网络分析(构建电子网络,寻找节点电子)
  p)   贯穿分析(需同一官方的不同亚虎数据,如跟sRNA亚虎结果关联)
  q)   根据客户需求可进行个性化分析,协商确定分析内容

官方要求

官方需求:动物官方,总量≥10μg,浓度≥ 150 ng/μl;植物、真菌官方,总量≥20μg,浓度≥ 250 ng/μl;原核下载,总量≥5ug,浓度≥65 ng/μl;
官方纯度:动物官方, RIN ≥7,28S/18S≥1.0;植物、真菌官方,RIN ≥6.5, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;原核下载, RIN ≥7, 23S/16S≥1.0, OD260/280≥1.8;
官方请置于1.5 ml管中,管上注明官方名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有官方管固定于50 ml带盖离心管,干冰运输。

项目运转周期

标准流程的运转周期为45个工作日

参考老虎机

  1. Michael D. Nodine & David P. Bartel. Maternal and paternal genomes contribute equally to the transcriptome of early plant. Embryos. Nature 482, 94–97 (02 February 2012) Wu S, Li RW, Li W, Li CJ.Transcriptome Characterization by RNA-seq Unravels the Mechanisms of Butyrate-Induced Epigenomic Regulation in Bovine Cells. PLoS One. 2012;7(5):e36940.
  2. Huang Q, Dong S, Fang C, Wu X, Ye T, Lin Y.Deep sequencing-based transcriptome profiling analysis of Oryzias melastigma exposed to PFOS.Aquat Toxicol. 2012 Apr 28;120-121C:54-58.
  3. Li C, Zhang Y, Wang R, Lu J, Nandi S, Mohanty S, Terhune J, Liu Z, Peatman E.RNA-seq analysis of mucosal immune responses reveals signatures of intestinal barrier disruption and pathogen entry following Edwardsiella ictaluri infection in channel catfish, Ictalurus punctatus.Fish Shellfish Immunol. 2012 May;32(5):816-27.
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