细菌app亚虎

appappde novo亚虎,是一种在无参考app的情况下,对appapp序列进行从头组装,并结合数据库对app进行注释,以此为基础开展相关下游分析的产品。我们采用读长更长的Pacbio三代亚虎技术,能够保证app序列组装的完整性。同时,根据不同的研究目的,我们还提供app框架图,精细图和完成图三种研究策略,以满足客户的不同需求。随着亚虎技术的发展、亚虎成本的降低,完成某app物种的全app序列图谱已成为必然趋势。一个物种app序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。

应用领域
1、物种分类地方鉴定
2、物种进化分析

技术路线

分析内容
标准信息分析
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 数据产出及质控统计
3. 使用HGAP对亚虎结果进行序列组装、组装结果优化和评价
4. 编码电子预测
5. 电子功能注释(KEGG、SwissProt、COG、NR、GO数据库)
6. 重复序列预测
7. 非编码RNA(rRNA和tRNA)预测

高级信息分析
1. 官方结构域(Pfam)分析
2. 病原与宿主互作数据库(PHI)注释
3. 细菌致病菌毒力因子数据库(VFDB)注释
4. 耐药电子数据库(ARDB)注释
5. 耐药电子数据库(CARD)注释
6. 碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释
7. 前噬菌体预测
8. 分泌官方预测
9. CRISPR预测
10. 电子岛预测
11. 转座子预测
12. 次生老虎机电子簇预测
13. app圈图(Circos)绘制

定制化信息分析 (请选择需要分析内容)
1. 共线性分析(核酸亚虎线性图)
2. 共线性分析(氨基酸亚虎线性图)
3. 共线性分析(氨基酸亚虎二维图)
4. 电子家族分析(2≤reference≤5)
5. sRNA预测
6. 启动子预测

官方要求
1)官方类型: DNA/菌体;
2)官方需求量:菌体样本:≥5g; 框架图appDNA:≥2μg;完成图appDNA:≥10μg;
3)官方浓度:≥30ng/µL;
4)官方纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

项目周期
一般30个工作日,具体视app大小而定。

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